账目短缺要查明原因，然后根据原因做不同的账务处理。
按短缺金额借记“待处理财产损益”，贷记“现金”。查明原因后，应分情况处理：属于应由责任人或保险公司赔偿的部分记入“其他应收款”科目，属于无法查明的其他原因，根据管理权限批准后记入“管理费用”科目。
