非营利组织根据取得收入不同，对增值税的处理也不同。
非营利组织的收入主要包括捐赠收入、会费收入及其他经营业务活动收入（如销售商品、提供服务）。不同的收入类型，涉及的增值税处理有所不同：
捐赠收入：不属于征税范围。增值税在发生应税行为的时候才产生纳税义务，也就是销售货物、提供服务，作为受赠对象的慈善机构、基金会本身属于无偿取得捐赠人的款项、物资，并未发生应税应为，所以捐赠收入不涉及缴纳增值税。
会费收入：免征增值税；
其他经营收入：按规定缴纳增值税。
