资金结存不可以为负数。资金结存是核算单位纳入部门预算管理的资金的流入、流出、调整和滚存等情况。
由于《政府会计制度》采用平行记账方式和复式记账借贷原理,政府财务会计将库存现金、银行存款、其他货币资金、零余额账户用款额度和财政应返还额度纳入了政府财务会计科目,在预算会计核算相关预算收入和预算支出时,应以相应的货币资金类科目予以对应。